尽管优势突出，FO技术的大规模商业化仍面临严峻挑战：

内浓差极化：

这是FO的“阿喀琉斯之踵”。发生在多孔支撑层内部，会显著降低实际水通量，是工程设计和膜开发中需要攻克的核心难题。

汲取液的选择与再生：

理想汲取液需具备：高溶解度（产生高渗透压）、易于低能耗再生、无毒、成本低、反向溶质扩散少。

汲取液再生是系统主要能耗来源，如何低成本、高效地再生汲取液是FO技术商业化的核心瓶颈。

膜材料的专门化：

市场上专为FO设计优化的膜产品仍然较少，性能和成本有待进一步优化。

系统复杂性：

引入了汲取液循环和再生子系统，使得整个系统比单一的RO系统更为复杂。